一元管理システムに紐付いていない料金カテゴリーは、自分で販売停止にすることはできますか?

できます。お使いの一元管理システムと結び付いていない料金カテゴリーは、Booking.com管理画面で販売を停止することができます。販売停止された料金カテゴリーは「XMLなし」と表示されます。

料金の更新については、こちらの記事を参照してください。